Rispetto alla storia di Manerbio già nel neolitico abbiamo traccia di insediamenti sul suo territorio.

Anche nell'età del bronzo testimonianze di reperti ci riportano qui, due insediamenti etruschi risalenti al VII secolo, oggettistica e i vasi facenti parte dei corredi funebri.

E' certo che le popolazioni dei Celti vissero o quantomeno transitarono in questi luoghi, visto il ritrovamento di diversi oggetti in argento, in ottimo stato di conservazione e di un notevole numero di monete risalenti al II secolo a.C.

Non stupiscono in questo senso le iscrizioni celebrative delle divinità Celtiche rinvenute su reperti Romani a testimonianza del fatto che con buona probabilità in età romana le due popolazioni prima condivisero pacificamente il medesimo luogo, poi si unirono fondendo le due culture.

Proprio in questo periodo l'attuale Comune, venne denominato Minervium derivando da qui il suo attuale nome.

Successivi scavi hanno portato alla luce ben cinque ville Romane, con una notevole quantità di oggetti di vari materiali risalenti al medesimo periodo e una Necropoli datata fra il I e il III secolo d.C .

Nel paese era sicuramente presente un Castello che fu oggetto di contesa e assedio durante i conflitti fra il papato e l'impero.

Fu distrutto nel 1091 da Enrico IV e poi ancora nel 1271 durante i conflitti fra Guelfi e Ghibellini. Fu nuovamente costruito e fortificato durante gli scontri fra Milano e Venezia città sotto il cui controllo Manerbio rimase fino alla fine del 1700.

Nel 1859 le numerose strutture che erano state realizzate in questa località la trasformarono in un punto di riferimento per i Comuni circostanti che durante la battaglia di Solferino e San Martino si diressero a Manerbio per avere assistenza ed aiuto.

All'inizio del 1900 un importante lanificio internazionale avviò la propria produzione a Manerbio determinando in modo sostanziale il volto industriale di questa località.

Particolare attenzione e menzione merita quanto del periodo Medievale Manerbio è in grado di raccontare.

Gli scavi effettuati fra il 1985 e il 1986 e successivamente nel 1990 hanno contribuito a ricostruire con buona approssimazione il volto di Manerbio specie in alcuni momenti insediativi del periodo medievale.

Lungo la strada Romana Brixia-Cremona era senza dubbio presente un insediamento abitativo nell'alto medio evo di cui sono stati riportati alla luce un pozzo, di cui è visibile una fedele ricostruzione presso il Museo di Manerbio, parti delle pavimentazioni e delle pareti, molto probabilmente realizzate o con assi di legno oppure, secondo le caratteristiche costruttive riferite al periodo, intrecciando vimini successivamente ricoperti con l'argilla.

Probabilmente gli edifici la cui struttura portante veniva realizzata con possenti pali di legno, veniva coperta con laterizi o paglia.

Sempre risalenti allo stesso periodo sono i reperti della pieve più antica di Manerbio.

Questo luogo di culto venne più volte modificato per poi essere completamente demolito nel XVIII secolo e ricostruito per la realizzazione della nuova parrocchia; tuttavia i tanti interventi subiti nel tempo hanno comportato una quasi totale scomparsa dell'originaria struttura della quale non restano reperti sufficienti a stabilire le esatte dimensioni della pieve originale.

Nella prima fase del basso medio evo il nucleo abitativo si sviluppò per lo più nella zona sud-ovest, interessando parte del territorio occupato dal cimitero più antico del Comune che era direttamente collegato alla Pieve.

Le costruzioni erano molto simili a quelle risalenti al periodo alto medievale e risultano seguire un piano ben preciso nel loro espandersi che le vuole ordinatamente allineate e percorse ai lati da ampi fossati di scolo.

A partire dal XV secolo il nucleo abitativo insediato nella zona a nord della pieve venne via via modificato con costruzioni in muratura destinate ai religiosi della Pieve e della vicina chiesa di San Martino.

Le traccie di questo intervento edilizio sono state ritrovate a seguito di interventi archeologici eseguiti prima nel 1960 e poi nel 1991 a seguito dei quali sono state ritrovate le originari fondazioni, le fosse biologiche, i pozzi e le cantine.